Os três principais argumentos que têm sido apresentados para justificar a introdução da transgenia na produção de soja são os seguintes:
1) a soja tolerante a herbicida teria um impacto na produtividade;
2) as quantidades de herbicida seriam diminuídas e essa redução poderia gerar economia na aplicação do herbicida, podendo diminuir os custos de produção;
3) A diminuição na quantidade de herbicida aplicado reduziria a contaminação ambiental e melhoraria a qualidade dos alimentos.
As grandes vantagens da soja transgênica, comprovadas pelos agricultores que optaram por seu cultivo, são a redução dos custos de produção e a facilidade de manejo. A soja tolerante ao glifosato, princípio ativo de vários herbicidas comercializados ao redor do mundo, permite enorme redução no volume usado atualmente dos mais diferentes tipos herbicidas nas lavouras para o controle de plantas daninhas, podendo ser substituídos por volumes muito menores deste herbicida ao qual apresenta tolerância.Estudos feitos na Argentina mostram que o uso da soja transgênica diminuiu os custos gerais de produção em 22%, sendo que a maior redução se deu justamente no uso de herbicidas, atingindo 49%. Antes da introdução da soja transgênica, os sojicultores argentinos gastavam cerca de US$ 51 por hectare para manter limpa sua soja. Com o plantio das variedades transgênicas, esse custo caiu para US$ 26 por hectare.A partir do momento em que menos aplicações de herbicidas são necessárias, o manejo da lavoura é facilitado, havendo inclusive uma grande economia de combustível, já que as máquinas são menos utilizadas nos campos para mantê-los livres das plantas daninhas.
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